A partir da versão 3, o Firefox guarda os favoritos, histórico e mais um punhado de coisas em sqlite. Por isso, manter essa base otimizada pode ser muito saudável ao seu Firefox.
No Ubuntu (testei no 9.04), instale o sqlite3.
Abra o terminal e digite:
sudo aptitude install sqlite3
Depois, ainda no terminal, acesse a pasta de seu perfil (profile) do Firefox:
cd ~/.mozilla/firefox/alguma_coisa_estranha.default
Varia de acordo com o computador. No meu, esse alguma_coisa_estranha.default é 73cm0ffy.default.
Você vai ver que essa pasta possui vários arquivos com a extensão .sqlite, que é o que queremos otimizar. Para isso, feche o Firefox (não antes de terminar de ler esse post ou copiá-lo 
sqlite3 nome_do_arquivo.sqlite vacuum
Tem como fazer em todos os arquivos de uma vez? Claro. Você está mexendo em um terminal Linux! Para fazer todos de uma vez, digite:
for i in *.sqlite; do sqlite3 $i vacuum; done
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