Você deve estar imaginando que clonar uma máquina seria simples, pois bastaria dar um Ctrl+c no arquivo original e um Ctrl+v para colar e, assim, teríamos dois arquivos com o mesmo conteúdo, ou seja, um backup da mesma. Pois é, se você fizer isso, a sua cópia não irá rodar no VirtualBox.
Isso ocorre porque cada disco virtual criado recebe um número de identificação (UUID) específico, o qual é armazenado dentro da própria imagem do disco. O VirtualBox somente carrega discos virtuais unitários, o que significa que se você usou a técnica Ctrl+c/Ctrl+v, você terá criado uma cópia com o mesmo UUID do disco original e, portanto, o VirtualBox se recusará a carregar uma das imagens.
Para poder realizar uma clonagem de um disco virtual, o VirtualBox disponibiliza o utilitário VBoxManage, o qual possui diversas funcionalidades, e é chamado por meio da linha de comando. Para clonar um disco virtual você deverá seguir os seguintes passos:
1. acesse a pasta do VirtualBox com o comando no terminal:
cd /home/seu_login/.VirtualBox/HardDisks
2. chame o programa VBoxManage seguido dos parâmentros necessários:
VBoxManage clonehd nome_disco_a_ser_clonado nome_do_clone
No meu caso, se eu desejar clonar meu disco virtual do Windows XP, os comandos seriam:
cd /home/trinity/.VirtualBox/HardDisks
VBoxManage clonehd WinXP.vdi WinXP_backup.vdi
Note que:
VBoxManage = nome do utilitário
clonehd = tarefa (copiar o hd)
WinXP.vdi = nome do meu disco virtual que desejo clonar
WinXP_backup.vdi = nome que será dado ao clone
Assim que o disco começar a ser clonado, você poderá acompanhar o seu andamento pelo próprio terminal por meio da indicação da porcentagem de trabalho concluído. Ao terminar, vá até a pasta onde os discos são armazenados:
/home/seu_login/.VirtualBox/HardDisks
Fonte: http://ubuntulinuxbr.blogspot.com